全国政协教科卫体委员会副主任，CASA指导委员会主任，国际半导体照明联盟（ISA）主席,曾历任中科院长春光机所研究员、常务副所长、所长、长春光机与物理所所长、科学技术部副部长。
2000年9月任中科院院长助理兼中科院光电集团筹备组组长；2003年11月中科院光电研究院院长；2005年1月，任中国科学院副院长，党组成员，兼任中国科学院光电研究院院长、应用光学国家重点实验室主任；曾获两次获得国家科技进步二等奖(1995年、2001年)。是国际工程光学学会会员、中国科协常委，中国光学学会副理事长（法人代表）、秘书长。
曹健林博士所从事的软X射线多层膜技术研究，取得了国内外同行专家公认的突出成就。
在国际上首次采用考虑多重反射的物理模型，首次将软X射线多层膜膜厚、表面和界面等数据解析方法和程序，拟合精度达到了当前软X射线波段反射率测量的极限；
首次用数值分析估算了光学常数的误差，精密测定了一批材料的软X射线超薄膜光学常数，填补了国际上这一方面的数据空白；
主持设计研制了国内第一台离子束测射镀膜设备，技术性能达到该类产品的国际先进水平；制备的多层膜反射镜应用到国家重点工程，有效GL值达17.5，创世界最高纪录；
为国际著名的英国卢瑟福实验室等提供X射线激光用多层膜反射镜，取得满意效果，为中国光学界争得了荣誉。在国内外学术刊物上发表论文80余篇。